故事以只有女性能使用的世界最強兵器「InfiniteStratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱IS，為此他被強制進入培育IS操縱者的學校「IS學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用IS的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
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